L'approche historique n'a d'abord concerné que la Préhistoire et la Protohistoire, pour s'étendre plus récemment à l'Antiquité.

F. Bon participe depuis 2005 a un projet de numérisation lancé par le SICD de Toulouse sur le fonds Edouard et Louis Lartet, pionniers des études préhistoriques, maintenant en ligne sur Internet avec la collaboration du Museum de la ville (F. Duranthon). Il a également été co-responsable de l'ACI « Archives Breuil. Entre préhistoire européenne et africanisme, un univers intellectuel et institutionnel au XXe s. » (dir. F.-X. Fauvelle), auquel ont participé S. Dubois et N. Coye. Ce programme a donné lieu en mai 2005 à une journée d'étude sur le thème « Préhistoire et religion » (Centre Alexandre Koyré, Paris), à une table-ronde internationale (« Archives personnelles des Préhistoriens », Toulouse) tenue en juin 2005 et à un colloque international : « Henri Breuil et l'Afrique » organisé à Johannesburg en août 2006. Le programme a par ailleurs été prolongé en 2006-2007 par une exposition (« Sur les chemins de la Préhistoire, l'abé Breuil du Périgord à l'Afrique du Sud », L'Isle-Adam et Nemours), avec un catalogue dont la direction scientifique a été confiée à N. Coye. Ce dernier a par ailleurs participé au projet européen AREA (« Archives de l'archéologie européenne », avec A. Schnapp, N. Schlanger et O. Moro Abadia) et à l'une des publications qui lui est consacrée dans Les Nouvelles de l'Archéologie (2007, n°106). Il a également animé des séminaires sur l'histoire de l'archéologie préhistorique au Centre Alexandre Koyré, au LAHIC/Université de Toulouse II et à l'Université de Paris I, et contribue à des enseignements du Master du Museum d'Histoire Naturelle de Paris. Outre ses recherches sur l'Abbé Breuil, il a consacré diverses études au site de Solutré (Coye 2005), aux archéologues F. Bordes (avec Y. Potin) et P. Vouga (Coye 2006), puis organisé en juin 2009, avec A. Hurel, un colloque international sur « 1859, Archéologues et Géologues dans l'épaisseur du temps » ; cette question de la perception du temps en archéologie préhistorique a par ailleurs fait l'objet d'une publication à l'occasion du centenaire de la SPF (Coye 2005). Parmi les autres Préhistoriens étudiés, il faut encore citer E. Catailhac (thèse en cours de S. Dubois), E. Piette (Bon et al. 2007), J. Boucher de Perthes (S. Dubois à paraître) et F. Garrigou (mémoire de l'EHESS de C. Teruel). Au delà des personnalités, c'est à la genèse du concept de Mésolithique que s'intéresse N. Valdeyron dans le cadre de son HDR.

Dans le domaine de la Protohistoire, des enquêtes sont menées sur les archéologues méridionaux (G. Vasseur, H. Rolland, E. Chantre, S. Clastrier, F. Mourret) et autour de divers sites classiques (Roquepertuse, Constantine), pour aboutir prochainement à la publication en ligne d'un dossier sur le site des Documents d'Archéologie Méridionale (nouvelle rubrique d'histoire de la Protohistoire, en collaboration avec R. Roure, Université de Montpellier) ; une journée d'études a été consacrée à J. Déchelette, publiée en partie dans la revue Anabases (2009), et un programme d'étude sur la correspondance du chercheur roannais a été entrepris sous la direction de S. Péré-Noguès (avec P. Boissinot et L. Izac-Imbert pour le laboratoire TRACES).

En novembre 2008, une journée d'études sur « Les systèmes de gestion de bases de données sur les correspondances de savants : réalisation d'une plate-forme commune » organisée par S. Péré-Noguès visait l'application de nouvelles méthodes permettant d'exploiter les correspondances savantes de divers archéologues (Cartailhac, Lartet, Breuil, Déchelette, Espérandieu) ; l'organisatrice est par ailleurs membre d'un PPR sur « l'Antiquité en réseaux » conduit par le laboratoire PLH (EA 4153).

En septembre 2007, le colloque de Carcassonne (Université d'été, organisée par l'ADREUC et l'EHESS) organisé par P. Boissinot avait pour thème « L'archéologie comme discipline ? » et concernait toutes les périodes abordées par l'archéologie : 14 communications ont été présentées, couvrant plusieurs champs, de l'épistémologie (P. Boissinot, J.-P. Albert, L. Olivier), à la sociologie de la connaissance (J.-L. Fabiani, N. Barbe), l'histoire de l'archéologie (A. Schnapp, N. Coye, J. Guilaine), à l'analyse des rapports institutionnels (M. Collardelle), à l'approche naturaliste (J.-D. Vigne), l'archéogéographie (G. Chouquer), à des réflexions sur le statut de l'ethnoarchéologie (O. Gosselin, P. Lemonnier), sur l'approche des rituels (J. Scheid) et de l'économie (A. Tchernia). La publication des actes est actuellement sous presse aux éditions du Seuil (collection « Le Genre Humain », 2009) et rassemble d'autres contributions de collègues n'ayant pu participer à la manifestation de Carcassonne (J.-P. Demoule, W. Stoczkowski). Toutes les interventions se sont interrogées sur le statut du savoir archéologique, sa spécificité, son lien avec d'autres savoirs académiques, sa manière propre d'articuler des collectifs, d'établir des généalogies à partir d'ancêtres fondateurs, d'instituer des rites dans des institutions stables, de maintenir des lieux de reconnaissance. En 2008, au colloque de Lyon (« L'écriture de l'Histoire... et de la Préhistoire d'hier à aujourd'hui », sous la direction de S. A. de Beaune), P. Boissinot s'est également interrogé sur le genre de discipline que pouvait constituer la Protohistoire en introduisant la notion d'identité souple, empruntée aux africanistes, qui permet non seulement de mieux rendre compte du sentiment d'appartenance partagé par les protohistoriens, mais aussi de comprendre pourquoi il n'existe aucune institution stable et propre dans ce domaine.

Depuis 2006, P. Boissinot et J.-P. Albert dirigent à l'EHESS (Toulouse) un séminaire de recherche sur les approches différenciées de l'archéologie et de l'ethnologie. D'abord consacrée au symbolique, cette réflexion critique s'est ensuite orientée vers les problèmes de l'identité et de l'ethnogénèse traités par les deux disciplines, selon des modalités qui leur sont propres, dont l'assimilation relève bien souvent de la surinterprétation.

La question du genre en archéologie a été traitée dans le cadre de plusieurs journées d'études : la première a eu lieu en décembre 2006 (Toulouse) et a réuni autour de S. Péré-Noguès plusieurs historiens et archéologues (P. Boissinot, M.-H. Diaz-Meirinho, A. Gorgues et P.-Y. Milcent pour le laboratoire TRACES) dont les communications ont été en partie publiées dans la revue Pallas (76, 2008) ; la seconde, en avril 2009 (Toulouse), a plus spécifiquement concerné l'Antiquité (« Actualité de la recherche. Autour des travaux de Sandra Boehringer ») et est le fruit d'une collaboration entre S. Péré-Noguès et A. Grand-Clément. Un séminaire d'études (groupe Olympe de Gouges), en collaboration avec le laboratoire FRAMESPA, a prolongé ces réflexions en 2009 autour de la question du « Genre et pouvoir ».