Quatre grandes orientations, qui sont autant de thématiques, structurent les travaux de l'Axe "Villes et agglomérations. Terroirs et territoires" : les recherches sur les cités d'Aquitaine avec Cahors, Saint-Lizier-en-Couserans ou Barzan ; l'archéologie agraire avec la fouille de la station routière de Vanesia, mais aussi l'exploitation des voies et des ressources naturelles en milieu montagnard ; l'étude des décors antiques au travers des marbres pyrénéens ou des enduits peints ; l'étude des artefacts qui se poursuit avec le verre et se renouvelle avec les céramiques grésées. Un programme de publications et l'ouverture de nouveaux chantiers sont destinés à dynamiser l'archéologie rurale et urbaine et à élargir les horizons des études précédentes. S'y ajoute le développement des systèmes de gestion informatique des données.