Le laboratoire TRACES, UMR 5608, a trouvé,  dès sa fondation en 1996,  sa cohérence dans le rassemblement de chercheurs autour de la pratique commune de l'Archéologie. L'identité trouvée dans une méthode s'est affirmée par la suite sans autre cadre ou limite que sa capacité d'intervention dans les secteurs les plus divers, tant dans l'espace avec une réelle ouverture internationale (Europe, Afrique, Asie) que dans le temps avec la prise en compte d'études s'insérant entre les époques reculées du Paléolithique ancien et l'aube de l'histoire moderne. De fait, notre domaine d'intérêt intégrait l'essentiel du champ chronologique de l'Archéologie. La croissance de l'équipe s'accompagnait de la multiplication d'opérations de terrain et d'étude alors que, dans un même temps, le caractère généraliste du « laboratoire » s'imposait inéluctablement.

L'UMR 5608, a été créée en 1996 par la volonté de ses membres fondateurs et par celle des responsables des organismes de tutelles (Ministère de la Recherche et de l'Enseignement supérieur, CNRS, Université de Toulouse-Le Mirail, Ministère de la Culture - Sous Direction de l'Archéologie). Elle est le résultat de la réunion de l'URA 997 du CNRS (Centre d'Archéologie Antique et Minière fondé par Claude Domergue) et de la « Jeune Equipe » Groupe de Recherche en Préhistoire crée en 1994 par l'Université de Toulouse-Le Mirail. Plusieurs Conservateurs du Patrimoine du Service Régional de l'Archéologie, dont certains déjà membres de la « Jeune Equipe » rejoignaient la nouvelle UMR qui prenait alors le nom d'Unité Toulousaine d'Archéologie et d'Histoire (UTAH). Elle était rattachée principalement à la Section 32 du Comité national du CNRS et gérée par le département des SHS. Une convention liant les personnels du CNRS, de l'Université de Toulouse Le Mirail et du Ministère de la Culture était signée en 2001. Fidèle aux principes fondateurs, cette convention avait pour objectif premier de faire converger les énergies et les compétences de tous ceux pour qui la pratique archéologique constituait la méthode fondamentale d'acquisition et de traitement des sources documentaires. Cette cohérence méthodologique, évidente et forte pour l'étude des mondes préhistoriques, anciens et médiévaux, assurait une large ouverture thématique. Lien organique nécessaire mais unique, cette convergence ne pouvait prétendre organiser à elle seule les travaux d'une équipe de recherche. Les changements nécessaires ont été envisagés et organisés sans solution de continuité alors que s'opérait, en 2004, un remplacement dans la direction de l'équipe (Directeur) et une réorganisation du Conseil de laboratoire.

Le printemps 2004 a ainsi vu éclore les axes thématiques. Les trois équipes du découpage initial (Préhistoire, Antiquité, Moyen-âge) engendraient 7 axes thématiques au sein desquels la chronologie, bien sûr omniprésente était nettement transcendée. Les responsables d'axe, membres élus du Conseil scientifique de l'Unité et, pour la plupart, membres de son Conseil de laboratoire, contribuent aux côtés de la Direction à l'élaboration des diverses orientations de l'Unité et à leur mise en place. Ils participent à sa gestion générale et gèrent les crédits de fonctionnement attribués par celle-ci pour la recherche à chacune de ses composantes. Ils coordonnent les activités au sein de l'axe dont ils sont responsables et regroupent notamment les demandes de financement et de création de postes avant leur examen par les divers conseils.

En fonction de nouvelles dispositions instaurées tant par les nouvelles orientations de la politique générale du département SHS du CNRS qui incitait dans les années 2005 et 2006 au regroupement des équipes, que par les situations locales, l'Unité a fait à nouveau évoluer ses cadres de fonctionnement. Face à des contraintes plus ou moins acceptées mais néanmoins assumées, l'équipe a su maintenir son unité et sa cohérence en se retranchant derrière une obligation cardinale : la cohérence méthodologique de l'approche archéologique des temps anciens, revendiquée dès l'origine comme élément structurant fondamental.

La modification essentielle a suivi notre réponse favorable au souhait de regroupement d'Unités formulé par la Direction scientifique du CNRS. En 2006, l'UTAH, fidèle à ses principes fondateurs décidait cependant de limiter son ouverture à l'accueil des archéologues du Centre d'Anthropologie de Toulouse après le départ des ethnologues de ce même Centre (UMR 8555 devenu FRE 2960 en 2007). L'existence d'une convention entre l'ex-Centre d'Anthropologie et l'EHESS imposait la signature d'une nouvelle convention liant désormais 5 partenaires en une quintuple mixité ; la signature d'une convention avec l'INRAP n'a pas sensiblement modifié l'ordre antérieur puisque les collègues relevant de cette institution participaient depuis de nombreuses années à la vie générale de l'équipe dans toutes ses instances et bénéficiaient à parité des mêmes soutiens.   Au 1er janvier 2007, ce regroupement devenait effectif sous l'appellation de TRACES, UMR 5608, Université de Toulouse, CNRS, UTM, Ministère de la Culture - Sous Direction Archétis, EHESS, INRAP. La conséquence première de cet élargissement a consisté en la transformation des thèmes de travail des préhistoriens. Dans le souci de favoriser l'interdisciplinarité au cœur même de l'Unité, l'axe consacré à l'étude des plantes et des animaux en contexte « anthropique », a rejoint l'axe 1 croisant les données fournies par des milieux de vie en constante transformation et par les vestiges laissés par l'Homme au cours du Pléistocène moyen et final et du début de l'Holocène. L'axe 3 quant à lui est dédié à l'étude du Néolithique méditerranéen. Afin de maintenir la tradition pluri-décennale d'une équipe prestigieuse créée par Jean Guilaine, les membres de l'ancien Centre d'Anthropologie, ont souhaité se regrouper en CRPPM (Centre de Recherche en Préhistoire et Protohistoire Méditerranéennes) sous la direction de Béatrix Midant-Reynes, Directrice adjointe de TRACES. Ils animent l'essentiel des recherches de cet axe.

Les autres axes n'ont fait l'objet d'aucune transformation notable, au moins dans leurs orientations et dispositions générales. Au cours de l'exercice du dernier contrat quadriennal, les médiévistes archéologues de l'axe 7 de TRACES et les historiens du Moyen-âge de l'axe 2 de FRAMESPA, ont établi une coordination identifiée sous l'appellation de Terrae. Leur but est de faire fonctionner sur un ensemble de programmes strictement identiques une structure commune assurant leur indispensable collaboration. Cette coordination est placée sous la double responsabilité de Nelly Pousthomis, Sous-Directrice de TRACES et de Jean-Loup Abbé, Sous-Directeur du FRAMESPA.

La décision de solliciter un rattachement à l'INEE comme opérateur de recherches a été prise en mai 2009. Elle s'est effectuée à la suite d'une série d'échanges internes informels ou de réunions organisées. Les débats ont été clôturés par un vote du Conseil de laboratoire. Le changement de rattachement prioritaire, avec demande de double rattachement (INEE et INSHS) a répondu à une stratégie générale.