Jusque-là plutôt marginale dans les travaux de l'UMR (si l'on exclut, bien sûr, l'Egypte : cf. axe 3), l'Afrique est désormais un vrai terrain d'études pour plusieurs membres de Traces, comme en témoignent le nombre d'interventions réalisées ou encore la place occupée dans le master « Arts et Cultures de la Préhistoire et de la Protohistoire : Europe, Afrique ». Si les travaux sur l'art ont été développés dans l'axe 2 et ceux sur la sidérurgie ancienne au Sahel logiquement intégrés dans l'axe 6, la plupart des autres opérations relèvent quant à elles exclusivement de ce thème transversal, qui n'est donc pas seulement une commodité de présentation mais bien aussi un cadre où se réalise une recherche originale.

Au Sahara central, une coopération internationale (PHC Tassili) a débouché sur un programme d'étude dirigé par S. Hachi (CNRPAH d'Alger) et M. Barbaza (TRACES) portant sur l'art rupestre et l'archéologie dans la chaîne de la Téfedest (Hoggar, Algérie)). L'étude des témoignages artistiques est couplée à celle des nombreux monuments et vestiges d'habitat, ces derniers travaux prenant la forme d'un Doctorat (S. Iddir) et d'une HDR (A. Heddouche) réalisés par des membres du CNRPAH inscrits à l'UTM. Les résultats portent sur près de 80 abris peints qui livrent une documentation exceptionnelle sur l'art saharien et ses particularités régionales, tout en documentant l'étude des modes de vie de populations confrontées à des conditions d'abord extrêmement favorables puis de plus en plus dégradées par l'aridification du Sahara. Enfin, A. Mostéfaï, doctorante à l'UTM dirigée par J.-L. Le Quellec, réalise un travail sur l'art des « Têtes Rondes » du Tassili n'Ajjer.

En Afrique de l'Ouest (site de Markoye dans le Sahel burkinabé), les travaux ont permis de recueillir une très abondante documentation sur les groupes de métallurgistes de la fin de la Protohistoire sahélienne. En dehors des travaux sur l'art rupestre, qui ont permis de mieux connaître une partie des pratiques magico-religieuses préislamiques (travaux de M. Barbaza), les observations de terrain ont porté sur de nombreuses concentrations de fourneaux (près de 20 000 au total) pour la réduction du minerai de fer ; elles sont à l'origine d'un très important travail archéologique sur cette métallurgie (notamment pour les aspects technologiques et socio-économiques) mené à bien par J.-M. Fabre.

En Afrique de l'Est, F. Bon est depuis 2007 co-responsable avec Asamerew Dessie d'une mission archéologique franco-éthiopienne (CFEE-ARCCH) consacrée au Late Stone Age, considéré dans la totalité de son développement, soit depuis sa transition avec le Middle Stone Age jusqu'à la néolithisation. En collaboration avec L. Bruxelles et R. Mensan, les prospections et les sondages menés dans la partie centrale du rift éthiopien (entre le lac Ziway au Nord et les lacs Langano et Abijata au Sud) ont permis de restituer une séquence géologique couvrant l'histoire du paysage au cours des 30 derniers milliers d'années, offrant un contexte stratigraphique et paléoenvironnemental inédit aux nombreuses données archéologiques recueillies.

L'Afrique sub-équatoriale est devenue elle aussi une zone d'études, avec le doctorat en cours de G. Heimlich sur l'art rupestre du Bas-Congo (direction J.-L. Le Quellec, co-tutelle avec l'Université de Bruxelles) et les travaux engagés en Angola par N. Valdeyron. Plusieurs missions sur le terrain, financées par le SCAC de l'ambassade de France à Luanda, ont permis depuis 2005 de développer un programme de recherche centré sur la question des rythmes et des modalités de l'expansion bantu, thème qui oriente la réflexion à la fois vers l'Afrique équatoriale (où s'amorce cette expansion) et vers l'Afrique australe (qui en constitue le terme, à la fois géographique et chronologique). Ce travail, qui s'est appuyé sur des opérations de terrain (sondages sur plusieurs amas coquilliers) et sur des travaux dans les musées, a trouvé un premier aboutissement en 2009 avec la soutenance, par Sonia Da Silva Domingos, étudiante angolaise bénéficiaire d'une allocation MAE, d'un doctorat consacré à la caractérisation typo-chronologique des céramiques de la région capitale.

Entre 2003 et 2006, nous avons été partenaire du programme "Archives Khoisan", dirigé par F.-X. Fauvelle-Aymar en collaboration avec K. Sadr (université de Witwatersrand, Johannesburg) et financé par l'Institut Français d'Afrique du Sud (MAE), qui a permis de développer une approche archéo-historique des populations Khoisan d'Afrique australe (Afrique du Sud, Botswana, Lesotho, Namibie). En combinant enquêtes archéologiques et ethnologiques sur la culture matérielle (arcs et flèches, « bored stones », industries lithiques) réalisées dans le cadre de travaux universitaires, ainsi que des prospections sur le terrain (dans la province du Western Cape) destinées à documenter l'existence de campements itinérants de pasteur Khoï  (principalement attestés dans les écrits), il a largement contribué au renouvellement des perspectives. Il a également permis de développer de fructueuses collaborations, en particulier avec K. Sadr, qui a pu bénéficier en 2007, dans le cadre du master, d'un support de professeur invité à l'université du Mirail pour une période d'un mois. La même année, un stage dédié à l'apprentissage de la technologie lithique a été organisé par F. Bon à l'université de Witwatersrand (Johannesburg, Afrique du Sud), en partenariat avec K. Sadr et l'IFAS.

Enfin, en lien avec les travaux conduits au sein du thème « Emergence de l'Homme moderne » de l'axe 1, il est apparu fondamental de réfléchir sur les rythmes et les modalités de l'évolution technique dans des régions du monde non concernées par le remplacement d'un type humain par un autre et où l'Homme moderne apparaît très anciennement. L. Slimak a ainsi participé à plusieurs missions de terrain en Ethiopie et à Djibouti. V. Mourre et N. Teyssandier ont eux été associés à un programme de recherche financé par la National Science Foundation (USA) et coordonné par P. Villa (Colorado University, USA) sur le développement de la modernité culturelle dans le Middle Stone Age d'Afrique australe (« Technological shifts in the Middle Stone Age of South Africa »). Dans ce cadre, ils collaborent à l'étude de deux des plus emblématiques séquences sud-africaines : Blombos et Klasies River Mouth. Ce thème rejoint celui de la thèse en cours de K. Douze (UMR PACEA, université de Bordeaux 1) sur le MSA éthiopien, dirigée par P.-J. Texier et dont F. Bon est co-tuteur avec A. Delagnes. En Afrique du sud toujours, TRACES participe au titre de laboratoire partenaire aux côtés du Rock Art Research Institute de l'Université Witewatersrand au GDRI STAR (Science, technologies, Art rupestre) co- dirigé par J.-M. Geneste et B. Smith, pour l'étude de l'art rupestre.